Jogo original lacrado de fábrica. A história de Chrono Cross é focada no adolescente chamado Serge e na temática de mundos paralelos. De cara com uma realidade alternativa na qual morreu ainda criança, Serge parte em busca da verdade em torno da divergência entre os dois mundos. A carismática ladra Kid e outros quarenta e três personagens o ajudam na sua jornada através do arquipélago tropical de El Nido. Na luta por revelar seu passado e encontrar a misteriosa Frozen Flame, Serge é várias vezes confrontado por Lynx, um antagonista sombrio trabalhando para capturá-lo.