A história de Chrono Cross gira em torno do adolescente Serge e o tema de mundos paralelos. Confrontado com uma realidade alternativa na qual ele morreu quando criança, Serge embarca em uma busca pela verdade sobre a divergência entre os dois mundos. A carismática ladra Kid e outros quarenta e três personagens o ajudam em sua jornada pelo arquipélago tropical de El Nido. Na luta para revelar seu passado e encontrar a misteriosa Frozen Flame, Serge é várias vezes confrontado por Lynx, um antagonista sombrio que trabalha para capturá-lo.