Lego Marvel Super Heroes conta com uma história original que passa por todas as famílias da Marvel. Os jogadores assumem o papel de Homem de Ferro, Homem-Aranha, Hulk, Capitão América, Wolverine e muitos outros personagens da Marvel, enquanto tentam impedir Loki e diversos outros vilões da Marvel de montar uma superarma que poderia ser usada para controlar a Terra. Os jogadores irão perseguir Comic Bricks enquanto viajam pela Nova York de Lego e visitam locais famosos do universo Marvel, como a Torre Stark, Asteroid m, uma base abandonada da Hydra e a Mansão-X