Entra na região de Hoenn e explora esta terra, onde duas grandes organizações, a Team Magma e a Team Aqua, se opõem. A primeira tem como objetivo expandir o volume de terra na região de Hoenn e detém mais poder, ao passo que a Team Aqua procura elevar os oceanos e desempenha um papel mais destacado em Pokémon Alpha Sapphire. Em qualquer uma das duas versões darás por ti imerso no cerne do conflito! A história começa quando te mudas para a Littleroot Town, onde tens a possibilidade de escolher um de três Pokémon para te acompanhar na tua aventura: o Treecko, do tipo Grass, o Torchic, do tipo Fire, e o Mudkip, do tipo Water. Independentemente do que escolhas, educar os teus Pokémon com carinho é sempre importante para quem quer um parceiro potente. Sob circunstâncias propícias, este poderá ser capaz de efetuar uma fantástica Mega Evolution, permitindo-lhe demonstrar uma força ainda maior. Mantém-te atento a dois novos Pokémon lendários chamados Groudon e Kyogre, os criadores da terra e dos oceanos, respetivamente. Cada um deles conta com uma transformação recém-revelada conhecida como "Primal Reversion".Através da nova funcionalidade Pokémon-Amie tens a possibilidade de desenvolver uma relação estreita com os teus Pokémon. Esta permite-te aproximar-te dos teus Pokémon fazendo-lhes festinhas, brincando com eles e dando-lhes snacks especiais chamados "Poké Puffs", tendo em mente que quanto mais cuidares dos teus Pokémon, melhor será o seu desempenho. Para além das batalhas podes também participar nos Pokémon Contest Spectaculars para determinares quem se destaca nestas cinco categorias: Coolness, Beauty, Cuteness, Cleverness e Toughness. Vence estes concursos e sobe nas tabelas de classificação até atingires o Master Rank!Claro que não estás sozinho na região de Hoenn, já que existem muitos outros treinadores de Pokémon, todos determinados a tornarem-se campeões! Para arrecadares a coroa deves desafiar cada um dos Gym Leaders que encontrares e obter Gym Badges. Se receberes os oito crachás existentes poderás defrontar a Pokémon League, em que desafiarás os Elite Four e, finalmente, o próprio campeão!Durante a tua aventura terás a oportunidade de criar a tua própria base supersecreta, um espaço só teu. Mas essa nem é a melhor parte, já que poderás ligar-te a outros jogadores em todo o mundo para partilhares as tuas bases. Se encontrares detentores de bases de que gostes poderás recrutá-los como um dos teus companheiros secretos e este "Secret Pal" poderá utilizar as suas "habilidades especiais" para te apoiar na tua aventura. Podes também mostrar o que vales online combatendo treinadores através do Player Search System, mas se preferires um desafio diferente podes sempre optar por combates de dois contra dois ou até de três contra três e trocar Pokémon com outros treinadores em todo o mundo.