Na cidade hierárquico 13, Kagutsuchi, o Librarium regula o incrível poder de "Armagus", uma fusão de magia e tecnologia. Atualmente eles estão atrás de um criminoso procurado chamado Ragna The Bloodedge, também conhecida como "Morte", que quer destruir o Librarium. Devido a Ragna possuir uma poderosa forma de Armagus conhecido como o Azure Grimoire, as pessoas em toda parte estão atrás não só da sua recompensa, mas da sua grimoire também. Este é o lugar onde nossa história começa...