O jogo se passa no ano de 2026 em uma versão fictícia da Área 51. O personagem principal é o especialista em explosivos Jake Burton da divisão da Marinha , dublado por Bruce Campbell . Seu pai trabalhou nesta base militar ultrassecreta quando Jake tinha nove anos. Ele havia "morrido em um acidente de avião a caminho do trabalho há 15 anos, junto com outros 10 cientistas". Após a morte do pai de Jake, o governo negou qualquer existência da Área 51. Jake recebeu ordens por telefone de um homem que não quis dar seu nome, mas disse que conhecia muito bem o pai de Jake. Jake foi destacado e o jogo começa. A missão de Jake do Sargento é desarmar explosivos colocados nos níveis um e dois da base. Um cientista chamado Fitz exige "dois milhões de dólares em notas sem identificação, um jato particular e uma entrevista televisionada" e o cronômetro começa a contagem regressiva em 20 minutos. Um pelotão de seis fuzileiros navais, liderado pelo sinistro comandante da Marinha Black Dawn, cujas ordens são "limpar as coisas depois de completar sua missão". Sua equipe principal consiste em Tonka, Sweetie e um grupo de três fuzileiros navais menores, Frick, Frank e um fuzileiro sem nome. A primeira bomba, localizada no banheiro masculino no Nível 1 por razões não contadas, é desativada. As armas automáticas no Nível 2 são desativadas no Satlink. Jake desce para o Nível 2 e desativa a segunda bomba. Jake então recebe ordens para manter sua posição e Black Dawn recebe ordens para matá-lo. Um homem misterioso que quer ajudar Jake conta a ele sobre as ordens de Black Dawn. Um campo estranho cerca a base, impedindo o contato de rádio de fora da base. A partir daqui, o jogador tem quatro escolhas sobre como completar o jogo.