Persona 5 é um jogo sobre os conflitos internos e externos de um grupo de garotos-problema do ensino médio (o protagonista e os colegas que ele conhece durante a história do jogo) que vivem vidas duplas como ladrões fantasmas. Eles têm uma rotina normal, como a de qualquer outro estudante do ensino médio de Tóquio: assistem às aulas, fazem atividades extracurriculares e têm empregos de meio período. Porém, eles também embarcam em aventuras fantásticas usando poderes de outro mundo para entrar nos corações das pessoas. O poder deles vem da Persona, um conceito junguiano do "eu". Os heróis do jogo percebem que a sociedade força as pessoas a usarem máscaras para proteger suas vulnerabilidades internas e, ao tirar essa máscara protetora e enfrentar seus "eus" interiores, os heróis despertam seus poderes profundos e os utilizam para ajudar a quem precisa. Basicamente, o grupo de ladrões fantasmas busca mudar o mundo do cotidiano de acordo com sua percepção e enxergar o que está por trás das máscaras que a sociedade moderna usa.